#!/bin/bash

working_dir="/path/to/my/Test_Outputs"

d1="pathto_water_suppressed.dat"
d2="pathto_water_nonsuppressed.dat"

cd $working_dir

echo "1. Convert to nii"
spec2nii twix -e image -f raw -o . ${d1} -j 
spec2nii twix -e image -f raw_wref -o . ${d2} -j

# Truncation for water-suppressed data
fsl_mrs_proc truncate --file raw_orig.nii.gz --points -4 --pos first --filename tmp1 -r --output .
fsl_mrs_proc truncate --file tmp1.nii.gz     --points -28 --pos last   --filename raw -r --output .
rm tmp1.nii.gz

# Truncation for water-nonsuppressed reference
fsl_mrs_proc truncate --file raw_wref_orig.nii.gz --points -4 --pos first --filename tmp2 -r --output .
fsl_mrs_proc truncate --file tmp2.nii.gz          --points -28 --pos last   --filename raw_wref -r --output .
rm tmp2.nii.gz

echo "Average water"
fsl_mrs_proc average --file raw_wref.nii.gz --dim DIM_DYN --output . -r --filename raw_wref_avg_ref

echo "2. Coil combine"
fsl_mrs_proc coilcombine --file raw.nii.gz --reference raw_wref_avg_ref.nii.gz --filename raw_metab_comb --output . -r
fsl_mrs_proc coilcombine --file raw_wref.nii.gz --reference raw_wref_avg_ref.nii.gz --filename raw_wref_comb --output . -r

echo "3. Align"
fsl_mrs_proc align --file raw_metab_comb.nii.gz --ppm 0.2 4.2 --output . -r --filename raw_metab_align --apod 20
fsl_mrs_proc align --file raw_wref_comb.nii.gz --ppm 0 9 --output . --filename raw_wref_align

echo "3a. Remove bad averages"
#cp raw_metab_align.nii.gz raw_metab_align_backup.nii.gz #backup prior to removing bad averages
fsl_mrs_proc unlike --file raw_metab_align.nii.gz --output ${working_dir} --outputbad --filename raw_metab_align -r 

echo "4. Average"
fsl_mrs_proc average --file raw_metab_align.nii.gz --dim DIM_DYN --output . -r --filename raw_metab_avg
fsl_mrs_proc average --file raw_wref_align.nii.gz --dim DIM_DYN  --output . -r --filename raw_wref_avg

echo "5. Eddy current"
fsl_mrs_proc ecc --file raw_metab_avg.nii.gz --reference raw_wref_avg.nii.gz --output . -r --filename raw_metab_ecc
fsl_mrs_proc ecc --file raw_wref_avg.nii.gz --reference raw_wref_avg.nii.gz --output . --filename raw_wref_ecc

echo "6. Center echo"
fsl_mrs_proc truncate --file raw_metab_ecc.nii.gz --points -1 --pos first --filename raw_metab_trunc1 --output . -r
fsl_mrs_proc truncate --file raw_wref_ecc.nii.gz --points -1 --pos first --filename raw_wref_trunc1 --output .

echo "7. Remove residual water"
fsl_mrs_proc remove --file raw_metab_trunc1.nii.gz --ppm 4.4 4.9 --output . -r --filename raw_metab_hlsvd

echo "8. Phase"
fsl_mrs_proc phase --file raw_metab_hlsvd.nii.gz --output . -r --filename metab
fsl_mrs_proc phase --ppm 4.6 4.7 --file raw_wref_trunc1.nii.gz --output . -r --filename wref

echo "10. Combining preproc reports"
merge_mrs_reports -d Example_Subject -o . --delete *.html

#echo "11. Fit data"
#fsl_mrs --data metab.nii.gz --basis /Users/Downloads/sg/basisset_LCModel/press3T_30ms.BASIS --h2o wref.nii.gz --output fit_results --report